M&Aの手法としては、株式譲渡、事業譲渡、合併、会社分割、現物出資、現物分配、株式交換、株式移転、第三者割当増資があります。採用する手法によって税務上、会計上の取扱いが異なり、目的に応じて手法を使い分けることで、コスト面、リスク面の問題をコントロールできます。中小企業のM&Aで利用されるのは、ほとんど株式譲渡か事業譲渡です。 これらのM&A手法の中で最も簡便とされ、よく使われるのは株式譲渡です。オーナーが代わるだけなので、原則として、債権債務、許認可、雇用契約などはそのまま引き継がれます。ただし、帳簿上認識していなかった債務（簿外債務）も引き継ぐことになるため、買手にしてみれば事前のデューデリジェンスは欠かせません。株式譲渡ではリスクがあるという判断になると、多くの場合、事業譲渡が利用されます。個別に契約を結び直すことになるため手間がかかり、事業規模が大きくなるほど不向きです。事業譲渡では、一部の事業だけを売却することもできますが、対価は会社に入るので、オーナーが受け取るには退職金や配当などによることになります。 合併においては、売手の会社が消滅することになりますが、法的にも一つの会社となることで、売上規模の拡大、スケールメリットによるコスト削減、ノウハウ・人材の相互活用などが期待できるでしょう。会社分割では、事業譲渡のように一部の事業を切り離すことができますが、事業譲渡に比べて労働者の承継手続きが厳格に定められています。 債権を株式化するDES（デット・エクイティ・スワップ）は現物出資の一形態です。グループ内再編では現物分配が利用できる場面もあるでしょう。株式交換・株式移転は現金を使わずに経営統合を進めたいときに有効です。マイノリティ出資での資本業務提携では第三者割当増資が使われる場面が多くあります。 このように、M&Aの目的に応じて、最適な手法を選択しなければなりません。

合併とは、2つ以上の企業が、契約により1つの企業に統合される法的な手続きをいう。

⇒合併に関連する平成29年度税制改正についてはこちら。

合併には一の事業体が消滅する事業体の権利義務の一切を承継する「吸収合併」と、全事業体が消滅してその権利義務の一切を新たな事業体が引き継ぐ「新設合併」がある。
前者において吸収される企業を消滅会社、存続する企業を存続会社、後者において新設される企業を新設会社という。
合併を行う目的としては、一般的には、売上規模の拡大、スケールメリットによるコスト削減、ノウハウ・人材の相互活用などが挙げられる。

実務上、新設合併は、手続き、費用の面から不利になることが多く、多くの場合、吸収合併が利用される。
組織内再編として、100％子会社を親会社が吸収合併したり、100％子会社同士で合併させたりといった例は多く見受けられる。
合併によって消滅する会社の権利義務は全て存続（新設）会社に移転する。したがって、簿外債務のような認識していなかったものについても承継されるリスクがあるので、Ｍ＆Ａの局面ではデューデリジェンスの手続きは重要になる。

法的には、被合併会社の資産と負債が包括的に合併会社に移転し、被合併会社は清算手続きを経ることなく消滅するため、解散決議、清算手続きは必要ない。

合併によるＭ＆Ａにおける被合併法人側は、合併による資産等の移転は原則として時価による資産等の譲渡として取り扱われ、その譲渡利益額又は譲渡損失額は、合併の日の前日の属する事業年度の益金・損金の額に算入する。
ただし、一定の要件を満たす場合には「適格合併」に該当し、最後事業年度終了の時における帳簿価額による資産等の引継ぎが行われたものとして譲渡損益の計上が繰り延べられる。

合併によるＭ＆Ａにおける合併法人側の資産等の受入については、「適格合併」であれば被合併法人における帳簿価額を引き継ぎ、「非適格合併」であれば移転時の資産等の時価をもって受入価額とすることになる。
したがって、合併法人において合併による課税は基本的には生じない。

合併によるＭ＆Ａにおける被合併法人の株主が、合併法人の株式のみの交付を受けた場合には、旧株の譲渡対価は、その合併の直前の帳簿価額とされるため、譲渡損益は認識されない。
株主が合併法人の株式以外の金銭等の資産の交付を受けた場合には「非適格合併」となり、原則通り譲渡損益が認識され、さらに「みなし配当」に対して課税される。

①合併契約の締結
②株主総会による合併契約の承認
③債権者保護手続
④株主の株式買取請求、新株予約権者の新株予約権買取請求
⑤公正取引委員会への届出
⑥登記

消滅会社の株主に交付する対価が存続会社の純資産額の20％以下である場合は、存続会社の株主総会の承認を省略することができる（簡易合併）。
また、議決権の90％以上を直接または間接に保有している会社（特別支配会社）との間における合併については、株主総会決議は不要である（略式合併）。

合併後に課税時期がある場合に、類義業種比準方式を採用できるかどうかは、直前期末（又は直前々期末）における比準3要素（配当、利益、純資産）の数値が適切に把握できるか個別に判断した上で決定する。
比準3要素の数値が適切に把握できないと判断された場合、類似業種比準方式を採用できないため、純資産価額方式を採用することになる。